精索静脉曲张：精索静脉曲张时，会使睾丸的局部温度升高，血管活性物质增加，从而影响睾丸生精功能，造成精子数目不足。但精索静脉曲张程度与精子质量不成比例。

隐睾：隐睾是影响精液质量的重要原因之一。单侧隐睾约60%病人不育，因此若精子密度低，又有隐睾存在，必须及早治疗。

泌尿系统感染疾病：附属生殖腺的慢性感染，如睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等，这些炎症可以引起精子数量的减少，造成少精症。

自身免疫降低：生殖免疫学研究发现，男性自身免疫可影响生育能力，抗精子抗体可影响精子的产生和运送。

内分泌功能异常：男性正常生精功能依赖于下丘脑—垂体—性腺轴功能的正常，其中任何一环节障碍，都会影响生精功能，其它如甲状腺、肾上腺疾病也会影响生殖腺功能而致少精子症。

染色体异常：染色体畸变对精子密度、活动率及形态均有严重影响。